30 августа 2006 вышел второй сезон сериала, которые состоялся из 21 эпизода. Все начинается с того, что ФБР находит тело жертвы, убитой 10 лет назад Говардом Эпсом. Что это значит: старые счеты или его возвращение? Тем временем одна за одной появляются жертвы, убитые так, как описано в книге Бреннан. К счастью, они находят убийцу и Бреннан не чувствует свою вину так сильно, как изначально.
Сили Буту предстоит в прямом смысле сразиться на ринге, а Бреннан играть его влюбленную подружку, чтобы раскрыть убийство девушки, тело которой нашли в 15 милях от Вегаса. А к команде Темперанс прибавляется новое лицо — Кэмилл Сароян. У Кэм раньше были любовные интрижки с Бутом, сейчас же у них просто дружеские отношения… или нет?
На арене преступности появляется новый герой. И это Могильщик. Он известен тем, что погребает жертв заживо. При расследовании очередного дела, Ходжинс и Бреннан сами будут погребены в машине под толщей земли. И пока их ищет Бут, им придется приложить большое количество усилий чтобы выжить.
Очередное дело: находка сожженного трупа бывшего сотрудника ФБР. И это непросто задание, ведь оно непосредственно связано с Бреннан. Дело в том, что это сделал ее отец. Оказывается, родители Бреннан были преступниками, причем очень известными в криминальном мире. И когда их жизни стали подвергаться опасности, они сменили фамилии и имена себе и своим детям. А когда их нашли и под поддельным именами, родителям Бреннан пришлось оставить своих детей, чтобы обезопасить их. В это время Говард Эпс сбегает из тюрьмы во время пожара, переодевшись в костюм пожарного. А у Бута сдают нервишки: он расстрелял пластмассового клоуна на крыше фургона с мороженым. И ему приходится пройти курс лечения психотерапевта, который впоследствии будет помогать и их взаимоотношениям с Темперанс, а также Энджеле. Бреннан вступает в романтические отношения с коллегой Бутта- Салли Саливан. Но когда тот предлагает Бреннан уплыть с ним в путешествие, длиною в год, на яхте, она отказывается по неопределенным причинам. Зато после многочисленных попыток у нее получается сблизиться с отцом. И он даже помогает раскрыть преступление и спасти Бута, которого похитили. Однако, отец Бреннан все еще находится в розыске и считается преступником. Но после некоторых раздумий он добровольно сдается властям.
После 3 предложений выйти замуж за Ходжинса, Энджела всё-таки соглашается. Но пройдет ли свадьба гладко и не приготовила ли судьба нашим героям другие сюрпризы?