23 сентября 2010 поклонники сериала «Кости» увидели шестой сезон. Бут и Бреннан решают отдохнуть и уехать из страны. После продолжительного семимесячного отдыха, их возвращает в Джефферсоновский институт просьба Кэм расследовать преступление. По возвращении у Бута появляется новая подружка Ханна Берли, работающая военным корреспондентом, которая сразу же вызвала множество симпатий в команде Бреннан. Во время расследования одного из дел, Ханна будет ранена, что доставит немало хлопот Буту. А Энджела будет пытаться скрыть свою беременность. Но когда скрывать не будет уже смысла, появится ее отец, который хочет сам выбрать имя для будущего ребенка, а Энджела с Ходжинсом будут обсуждать дела, касающиеся строительства нового совместного дома.
Скоро должна прийти во исполнение смертная казнь, присужденная Могильщику, и его привозят в город. Но во время прибытия, снайперская пуля попадает в Могильщика. Среди подозреваемых и Бут, и отец Бреннан. Пока Бута отстраняют от дел, его место занимает агент ФБР Дженни Шоу. Убийцей оказался Джейкоб Бродски, который раскрыл Дженни Шоу, работающую под прикрытием. После этого Бродски пытается убить еще одну жертву, и Бут всеми силами пытается ему помешать. А у Кэм множество проблем с ее приемной дочерью, которую она взяла под опеку, после того, как нашли мертвого ее бывшего возлюбленного. Дело в том, что Кэм встревожена выбором колледжа для Мишель, ведь та хочет поступить в весьма неприглядное заведение.
Доктор Бреннан ставит для себя множество важнейших вопросов по поводу своей жизни, когда работает над телом блестящего хирурга. Причина этого в том, что жизнь жертвы и Бреннан очень похожи, и пока команда ищет подозреваемого, Темперанс все больше открывает занавесь в ее прошлое, но одно остается для нее загадкой: что случилось с женщиной перед смертью? На эти вопросы ей помогут ответить коллеги Джефферсонского института.
Ханна пытается вызвать любовь у Бута, сближаясь с его сыном Паркером. Но увы, это не помогло ей, и спустя время, Бут рассказывает ей всю правду о чувствах к Бреннан. Но наступает День всех влюбленных, и все стараются отметить его романтично, в отличие от Силли и Темперанс: Кэм пытается поскорее завершить рабочие дела, чтобы провести вечер со своим молодым человеком, а Ходжинс готовит романтический сюрприз для Энджелы. Однако, судьба сама подготовила Буту и Бреннан романтический момент: они застряли в лифте, а это отличное время для щепетильных разговоров.
Ходжинс и Энджела переживают нелегкие времена, у Энджелы осложнение с ребенком, несмотря на это, она не посвящает Ходжинса в некоторые детали беременности.