Третий сезон сериала «Физрук» начинается с освобождения Фомы. Оказывается, что Саша Мамаева забирает заявление из полиции. Когда Олег возвращается к себе домой, то находит весь мир перевернувшимся сверх на голову. Мамай в день похищения умирает и не может помочь разобраться Саше с ее проблемами, а так как за несколько месяцев до смерти он переписал все свою имущество на дочь, Александра Мамаева становится полноправной владелицей всего отцовского наследия. Чем не преминут воспользоваться и Елена с Димой. В итоге, после свадьбы все имущество переводится на имя Димаса, а тот сбегает тратить деньги и путешествовать по миру. Саша остается без отцовских денег, еле сводя концы с концами – вследствие чего ей не остается места, где жить. Единственным человеком, который предложил ей помочь, является ее старый друг Валя. У Психа тоже все не так просто: он окончательно расходится с женой после ее измены и начинает встречаться с Полиной, бывшей стриптизёршей в его клубе, которая всегда не упускала воспользоваться своим образованием психолога и помочь Фоме. Он живет вместе с Полей в квартире Фомы.
Первое, что решает сделать Фома – найти Таню и извиниться перед ней. Зайдя в кабинет русского языка и литературы, Олег обнаруживает обескураживающую его новость: у Тани Александровны появляется поклонник. Владелец книжного издательства, обеспеченный интеллектуал – полная противоположность самому Фоме. Герой решает, что он более выгодная и надежная партия Татьяне, даже не взирая на возврат.
Вернувшись домой, он находит новую цель. В память Мамая и ради его дочки вернуть наследство законное владелице. И единственным выходом он видит… написать президенту В.В. Путину! Но как? И ему приходит гениальная мысль: ведь каждый выигравший гран-при на конкурсе «Учитель года» лично получает приз из рук президента. И единственной кандидатурой для выдвижения является Татьяна Александровна. Ему срочно нужно вернуться в школу, но там директором стала Эльвира, по прозвищу «Гитлер». Та не допустит возвращения нелюбимого ей физрука. Однако скоро выборы, формальные выборы, на которых выберут Эльвиру. Фома, используя свою харизму и ловкость, перехитряет женщину и сам побеждает на выборах.
Пока Фома думает, как вернуть наследство Саше, та занята своей любовной лирикой. В первой серии она целуется с Валей, и они уже даже начинают встречаться, но Саша все равно думает о том, что что-то идет не так. После того, как Фома стал директором, Саша становится его секретарем. В школе она встречает парня Никиту, президента гимназии. Вместе с Усачем и Никитой Саша думает, как заработать денег и начинает разрабатывать приложение. Постепенно она понимает, что ей начинает нравится Никита… А потом выясняется, что он сын нового ухажера Татьяны, господина Серебрянского.
И тут на аванс сцену выходит Елена. Она в бегах, так как в то же время, пока она пыталась посадить Фому, попалась сама. Именно в ее руках хранится тайна, где хранится наследство Мамая. С помощью друга-буддиста, Миши, с которым Фома познакомился в СИЗО, он узнает местоположение Лены и то, что на имя Димы перечислены все средства. Однако выясняется, что Миша-Буддист бывший любовник Елены – Фома не понимает, на чьей он стороне. В конце он избивает его, за то, что тот выдал Лене его месторасположение. Узнав, где находится Дима Псих едет за ним в Испанию. Ему получается доставить Диму в Москву, но после нескольких попыток заставить подписать бумаги, тот бежит к Лене.
Вместе с этим личная драма не покидает Фому – отчаявшись добиться признания Тани, он находит новую девушку Риту. Однако он понимает, что все также любит Таню и решает ее бросить после того, как Рита хочет подставить его любимую. В конце оказывается, что у Риты серьезные отклонения в психике, ведь они похищает Таню и шантажирует ею Фому. Только чудом им получается выбраться. Таня разрывается между Фомой и Серебрянским, Фома делает ей предложение, на что Таня не знает, что ей ответить. И Фома решает написать ей письмо, в котором пытается изложить все свои чувства. Он пишет о том, что очень сильно изменился после встречи с ней. И она сдается.
Тем временем Саша встречается с Никитой, но в конце понимает, что он еще слишком маленький – для него все отношения игра. Она решает расстаться с ним. Немного позднее на Сашу приходит заявление о совращении несовершеннолетнего. Саша и Фома думают, что это сделал Никита. В своем стиле Фома с помощью Усача выпутывает девушку из передряги, но потом последний признается, что это сделал он. Саша теряет всякое доверие к Вале.
Вместе с этим разрешается судьба Димы. Лена подговаривает его убить Фому, тому почти удается это сделать, но в последний момент он сдается. Вместе они инсценируют его смерть. Олег позволяет своему племяннику уехать из города.
И вместе с этим приближается «Учитель года». Фома боится, что Лена узнает о том, что он там будет и вмешается. Ей это действительно удается, между ней и Фомой завязывается погоня и потасовка, в результате которой физрук наконец-то побеждает. Белову хватает охрана. Фома бежит, чтобы спасти номер возлюбленной и производит фурор. Татьяна действительно выигрывает, но оказывается, что в этот раз президент не сможет наградить победителя – так все мечты Олега разбиваются в прах. А Миша-Буддист, видя в активах Мамая – зло, ссорящее любимых ему людей, уничтожает их.
Фома подавлен и решает уехать из города. Квартиру он оставляет Психу и Поле, которые ждут ребенка; не выдержав предательства Вали, Саша тратит последние деньги на билет в Лиссабон; Таня понимает, что любит Фому и готова к нему вернутся, но он уезжает и назначает ее директором гимназии.
В последней сцене сезона Фома косит траву где-то в сельской местности, когда к нему подъезжает колонна машин.