Третий сезон сериала «Физрук» начинается с освобождения Фомы. Оказывается, что Саша Мамаева забирает заявление из полиции. Когда Олег возвращается к себе домой, то находит весь мир перевернувшимся сверх на голову. Мамай в день похищения умирает и не может помочь разобраться Саше с ее проблемами, а так как за несколько месяцев до смерти он переписал все свою имущество на дочь, Александра Мамаева становится полноправной владелицей всего отцовского наследия. Чем не преминут воспользоваться и Елена с Димой. В итоге, после свадьбы все имущество переводится на имя Димаса, а тот сбегает тратить деньги и путешествовать по миру. Саша остается без отцовских денег, еле сводя концы с концами – вследствие чего ей не остается места, где жить. Единственным человеком, который предложил ей помочь, является ее старый друг Валя. У Психа тоже все не так просто: он окончательно расходится с женой после ее измены и начинает встречаться с Полиной, бывшей стриптизёршей в его клубе, которая всегда не упускала воспользоваться своим образованием психолога и помочь Фоме. Он живет вместе с Полей в квартире Фомы.
Первое, что решает сделать Фома – найти Таню и извиниться перед ней. Зайдя в кабинет русского языка и литературы, Олег обнаруживает обескураживающую его новость: у Тани Александровны появляется поклонник. Владелец книжного издательства, обеспеченный интеллектуал – полная противоположность самому Фоме. Герой решает, что он более выгодная и надежная партия Татьяне, даже не взирая на возврат.

В начале второго сезона зрители лицезрят, к чему привел выбор Фомы: он совсем опустил руки, ушел из школы, совсем перестал контактировать со знакомыми и ушел в запой. В таком состоянии его находит Дима, молодой парень, приехавший из Батайска. Оказывается, он племянник Олега, всегда восхищавшийся им и видевший в нем пример для подражания. Именно поэтому он решил пожить у дяди в Москве. Вера племянника и разговор с другом «Психом» заставляют его задуматься о своей жизни. Осознав, на какое дно, он опустился, Фома решил исправить ошибки прошлого. Но тут все не так просто: чтобы выпутать Фому из неприятностей с «Хромулей», опасным криминальным авторитетом, Псих решает продать Фому некой Елене Беловой за 9 миллионов. Елена Андреевна оказывается «специалистом» по финансовым махинациям с наличкой. Она сразу проняла характер Фомы, купив его для своего развлечения. Заставив его выполнять свои мелкие унизительные поручения, довела Фому до крайнего бешенства. Но делать нечего и по ее поручению Олег возвращается в родную школу. Но оказывается, что все поменялось за несколько месяцев, а уход физрука в школе запомнили надолго.
На Фому сыплются все новые проблемы: мало того, что учителя обиделись на физрука, так и куда-то подевалась Татьяна Александровна вместе с Сашей Мамаевой. Перед Фомой стоит задача обеих найти, отдать долг Елене и снова начать нормальную жизнь. Первое, что он решает сделать – расплатиться с Еленой. Выпросив у нее крупное задание, он проходит проверку на прочность. Моральный выбор: выгнать ветеранов из их клуба, отдав здание Елене или пожалеть бедных стариков? Тут мы видим, как меняется герой Дмитрия Нагиева – спустя большое количество терзаний Фома понимает, что чем-то похож на старика, пытающегося отвоевать свою память и второй дом. Так же Фома поступает со своими близкими, со своим прошлым, во власти которого он находится. У Фомы ничего не получает, так как старик поджигает дом, и Лена записывает его стоимость в долг.