Третий сезон сериала «Физрук» начинается с освобождения Фомы. Оказывается, что Саша Мамаева забирает заявление из полиции. Когда Олег возвращается к себе домой, то находит весь мир перевернувшимся сверх на голову. Мамай в день похищения умирает и не может помочь разобраться Саше с ее проблемами, а так как за несколько месяцев до смерти он переписал все свою имущество на дочь, Александра Мамаева становится полноправной владелицей всего отцовского наследия. Чем не преминут воспользоваться и Елена с Димой. В итоге, после свадьбы все имущество переводится на имя Димаса, а тот сбегает тратить деньги и путешествовать по миру. Саша остается без отцовских денег, еле сводя концы с концами – вследствие чего ей не остается места, где жить. Единственным человеком, который предложил ей помочь, является ее старый друг Валя. У Психа тоже все не так просто: он окончательно расходится с женой после ее измены и начинает встречаться с Полиной, бывшей стриптизёршей в его клубе, которая всегда не упускала воспользоваться своим образованием психолога и помочь Фоме. Он живет вместе с Полей в квартире Фомы.
Первое, что решает сделать Фома – найти Таню и извиниться перед ней. Зайдя в кабинет русского языка и литературы, Олег обнаруживает обескураживающую его новость: у Тани Александровны появляется поклонник. Владелец книжного издательства, обеспеченный интеллектуал – полная противоположность самому Фоме. Герой решает, что он более выгодная и надежная партия Татьяне, даже не взирая на возврат.

В начале второго сезона зрители лицезрят, к чему привел выбор Фомы: он совсем опустил руки, ушел из школы, совсем перестал контактировать со знакомыми и ушел в запой. В таком состоянии его находит Дима, молодой парень, приехавший из Батайска. Оказывается, он племянник Олега, всегда восхищавшийся им и видевший в нем пример для подражания. Именно поэтому он решил пожить у дяди в Москве. Вера племянника и разговор с другом «Психом» заставляют его задуматься о своей жизни. Осознав, на какое дно, он опустился, Фома решил исправить ошибки прошлого. Но тут все не так просто: чтобы выпутать Фому из неприятностей с «Хромулей», опасным криминальным авторитетом, Псих решает продать Фому некой Елене Беловой за 9 миллионов. Елена Андреевна оказывается «специалистом» по финансовым махинациям с наличкой. Она сразу проняла характер Фомы, купив его для своего развлечения. Заставив его выполнять свои мелкие унизительные поручения, довела Фому до крайнего бешенства. Но делать нечего и по ее поручению Олег возвращается в родную школу. Но оказывается, что все поменялось за несколько месяцев, а уход физрука в школе запомнили надолго.
На Фому сыплются все новые проблемы: мало того, что учителя обиделись на физрука, так и куда-то подевалась Татьяна Александровна вместе с Сашей Мамаевой. Перед Фомой стоит задача обеих найти, отдать долг Елене и снова начать нормальную жизнь. Первое, что он решает сделать – расплатиться с Еленой. Выпросив у нее крупное задание, он проходит проверку на прочность. Моральный выбор: выгнать ветеранов из их клуба, отдав здание Елене или пожалеть бедных стариков? Тут мы видим, как меняется герой Дмитрия Нагиева – спустя большое количество терзаний Фома понимает, что чем-то похож на старика, пытающегося отвоевать свою память и второй дом. Так же Фома поступает со своими близкими, со своим прошлым, во власти которого он находится. У Фомы ничего не получает, так как старик поджигает дом, и Лена записывает его стоимость в долг.

В первом сезоне сериала «Физрук» нас знакомят с главным героем – Олегом Евгеньевичем Фоминым по прозвищу «Фома». Долгое время он работал начальником охраны у известного бизнесмена — выходца из 90-ых — «Мамая». Образ «Фомы» олицетворяет в себе слияние лихих 90-ых и сытых стабильный 2010-ых: главный герой не смог отказаться от прошлого и принципов, определяющих это прошлое, из-за чего в самом начале сериала «Мамай» отстраняет его от дел. После пережитого «Фома» впадает в депрессию, ведь вся его жизнь крутилась вокруг призвания всей его жизни. Но потом решает непременно вернуть свою любимую работу, вновь завоевав доверие друга. Перебрав множество вариантов, Олег останавливается на ребенке Мамая Сане, о котором он однажды упоминал. Тот недавно вернулся из-за границы и теперь учится в обычной московской школе. Фома решает через Санька подобраться к Мамаю, из-за чего устраивается в школу физруком.
Однако неприятности стоят уже на пороге: Фома никогда не видел этого Саню, а когда познакомился с классом в своей грубой и фамильярной манере, оказывается, что он ненароком обидел Александру Мамаеву, дочку своего начальника. Из-за гендерно-нейтрального прозвища «Фома» и подумать не мог, что у «Мамая» не сын, а дочь. Теперь перед «Фомой» стоит непосильная задача: завоевать доверие дочери, не раскрыть раньше времени карты перед бывшим другом и как-то прижиться в этом новом и дотоле неизвестного мире школы. А тут еще и Татьяна Александровна, учительница русского и литературы, в которую в серой же серии влюбляется герой. Однако Татьяна неприступна, ведь у нее есть жених, да и непонятно откуда взявшийся хамоватый физрук своим поведением заставил ее относиться к себе не доверительно. На протяжении всего сезона, благодаря своему обаянию и харизме, а также опыту прошлой лихой жизни, «Фома» каждый раз выходит сухим из воды: будь то проблема с документами, одноклассники «Санька», учительское недовольство во главе с хитрой Эльвирой Петровной или соперничество с женихом Тани – Славой.